在一片叫做***山的森林中有个守护神“精灵树”。一场庞大暴风雨促成灵魂树许多孩子中的一个——Ori失踪，并被一只母兽Naru认养，此后快乐地生活了许多年。精灵树寻找Ori无果，于是使用光来呼唤Ori并。Ori看到了光，但不明白是什么意思。但精灵树的光会对黑鸟Kuro一族造成生命威胁，光杀死了3只幼鸟，Kuro只剩下一只未孵化的鸟蛋。Kuro为了保护自己的孩子，夺走了精灵树的核心Sein（赛安），扔到了野外。精灵树失去了行使魔力的法器，丧失了对Nibel森林的干涉和保护能力，三个生命元素的稳定状态被打破，尼布尔森林丧失了生机。由于Nibel森林开始枯萎凋零着，Naru因饥饿而死，Ori再次成为孤儿，开始流浪。最后精疲力竭，即将死亡。精灵树用最后的魔力，救活了Ori。

（至此，游戏正式开始）

一般一周目游戏时间10个小时，有经验的情况下3个小时内通关并且100%探索地图。

奥里（Ori）得到了精灵树的至宝Sein，他和Sein踏上冒险旅程，为了拯救森林和Naru，恢复三个生命元素，复活精灵树。

森林生物Gumo出于某种目的偷走了水元素，Ori开始与他追逐以夺回水元素。Gumo由于机关失灵不慎将自己困在落石之中，Ori之后救了Gumo一命，最后，Gumo将水元素还给Ori，与Ori成为朋友。

Ori相继恢复了水元素、风元素、暖元素，在荒芜废墟复活风元素的同时，发现Gumo族差不多已经因为寒冷而灭族了，活着的就剩Gumo了。与此同时Gumo回到自己族人的神殿，取回了某个魔法物品，复活了Naru。Naru一心想要再见到Ori，在Gumo的带领下外出寻找Ori。由于Ori激活了掘之山，森林开始着火。Ori准备把Sein交还给精灵树。这时他被Kuro抓住了。Naru恰好在最终一刻赶到，她抱起Ori，却无法阻止Kuro，也无法阻止这场大火。她的行为毫无理由，不计后果。Kuro被这一幕感动了，让她想起自己失去的孩子，她从复仇的狂热中清醒，发现自己最后的孩子将被烈火包围。为了阻止大火，为了给她最后的孩子生存的机会，Kuro选择亲自将Sein还回精灵树。自己被精灵树的光灭杀。精灵树复活了，Nibel森林也复活了。Naru、Ori、Gumo成为了一个家庭。Ori和Naru将Kuro最后一个孩子（还是一个蛋）带回家中。